Informes de tu trabajo

El primer ejemplo de informe que vimos se convirtió en un archivo html. Pero ¿qué pasa con los archivos Word o PDF, que pueden ser más útiles o esperados en algunas situaciones? RMarkdown, y todo un ecosistema de otros paquetes, permite generar documentos en múltiples formatos utilizando el mismo archivo de texto plano.

La forma de generar el formato del archivo de salida es cambiando la opción output del encabezado.

Vuelve al informe de ejemplo y busca la línea que empieza por output:. Cambia html_document por pdf_document.

También podes usar el botón “knit”, haciendo clic en la flechita de la derecha para ver todas las opciones.

Ahora utiliza el botón para generar un documento de Word. ¿Qué cambios ves en el encabezado del archivo?

Control del código

Nuestro ejemplo parece bastante ordenado. Hemos ocultado todo el código y los mensajes de R para que puedas concentrar tu atención en la tabla y las figuras. Pero este no es el comportamiento por defecto de un archivo Rmd. Por lo general, la salida tendrá tanto el código como su resultado, lo cual está bien cuando vos o la persona que leerá el informe quiere ver el código que genera esos resultados, pero podría no ser lo que la audiencia final del informe podría necesitar. Vos decidis si quieres mostrar el código o no.

Para cambiar las opciones de un chunk de código, todo lo que tiene que hacer es enumerar las opciones dentro de las llaves. Por ejemplo:

```{r nombre-del-chunk, echo = FALSE, message = FALSE}

```

Un conjunto de opciones particularmente importante son las que controlan si el código se ejecuta y si el resultado del código permanecerá en el informe o no:

• eval = FALSE impide que se ejecute el código del chunk, por lo que tampoco mostrará los resultados. Es útil para mostrar código de ejemplo si estás escribiendo, por ejemplo, un documento para enseñar R.

• echo = FALSE ejecuta el código del chunk y muestra los resultados, pero oculta el código en el informe. Esto es útil para escribir informes para personas que no necesitan ver el código R que generó el gráfico o la tabla.

• include = FALSE ejecuta el código pero oculta tanto el código como los resultados. Es útil para configuración general donde se cargan las librerías.

Si estás escribiendo un informe en el que no quieres que se muestre ningún código, añadir echo = FALSE a cada nuevo chunk se vuelve tedioso. La solución es cambiar la opción globalmente para que se aplique a todos los chunks. Esto se hace con la función knitr::opts_chunk$set(), que establece las opciones globales de los chunks que le siguen. Encontrarás esta función en el primer chunk “setup”.

```{r setup, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, 
                  message = FALSE,
                  warning = FALSE)
```

¿Tienes curiosidad por saber cómo funcionan las opciones? Cámbialas de una en una y toca el archivo cada vez para ver qué cambia.

Automatización

Al principio de este taller te pedimos que cambiaras el cultivar en el informe de ejemplo. La tarea no fue fácil porque “ACA 861” aparece varias veces y es fácil equivocarse. Parametrizar un informe nos permite definir ese tipo de parámetros en un solo lugar y obtener diferentes análisis a partir del mismo archivo.

Para generar un informe parametrizado hay que añadir un elemento llamado params a la cabecera con la lista de parámetros y sus valores por defecto.

params:
  cultivar: ACA 861

A partir de ahora, tendrás acceso a una variable llamada params que es una lista que contiene los parámetros y su valor. Para acceder al valor de cada parámetro se utiliza el operador $ de la siguiente manera:

params$cultivar

## [1] "ACA 861"

De este modo, el código original puede modificarse para utilizar el valor de la especie almacenada en params$cultivar.

cultivares %>% 
  filter(Cultivar == params$cultivar) %>% 
  ggplot(aes(x = Rendimiento_Ajustado, y = Aceite_porcentaje)) +
  geom_point(color = "darkorange",
             size = 3,
             alpha = 0.8) +
  geom_smooth(method = "lm", se = FALSE, color = "darkorange") +
  theme_minimal() +
  labs(title = "Rendimiento y porcentaje de aceite",
       subtitle = paste("Cultivar", params$cultivar),
       x = "Rendimiento Ajustado (kg/ha)",
       y = "Porcentaje de Aceite (%)",
       color = "Cultivar") 

Aquí cambiamos el subtítulo para concatenar palabras con el valor almacenado en params$cultivar, de esta manera podemos construir el subtítulo de forma programática.

Ahora el informe está listo para funcionar como un informe parametrizado.

Por último, cambia “ACA 861” en el yaml para generar un nuevo informe para una de las otras especies.

Publicación

Querés compartir tus resultados y tenés un archivo RMarkdown o Quarto en el que estuviste trabajando. Podrías compartir la carpeta del proyecto o un link a un repositorio pero sería ideal que cualquier persona pueda ver esos hermosos resultados sin necesidad de correr código. La otra alternativa es knitear el documento para compartir un PDF o archivo de Word. Las opciones no terminan ahí, Rmarkdown/Quarto abre un mundo de posibilidades para trabajar con código de R, texto y además compartir los resultados (y cualquier otra cosa!).

Sitio web de una sola página

Si sabés cómo generar un reporte en formato html usando R Markdown, ¡ya sabés todo lo que necesitás para publicar un sitio web simple! Lo único que hace falta es un servicio que hostee el archivo y lo muestre a los visitantes. Uno de ellos es Netlify, que permite crear un sitio web con sólo arrastrar una carpeta.

Pequeño detalle: seguramente tu reporte (tu archivo RMarkdown) tiene algún nombre descriptivo consistente con su contenido. Para que convertirlo en una página web el archivo tiene que tener un nombre especial: “index.html”. Adelante, nombrá a tu documento como index.Rmd y knitea a HTML como de costumbre.

Ahora deberías tener como resultado archivo llamado “index.html” en la carpeta de tu proyecto. ¡Felicitaciones! Creaste tu primer página web.

Publicación

Solo falta publicar tu página web para no viva solo en tu computadora. Veamos como se hace en Netlify.

Entrá a https://app.netlify.com/drop y arrastrar la carpeta que contiene el archivo index.html en el recuadro. Netlify va a crear una página web con un nombre aleatorio y posiblemente imposible de deletrear, pero está publicada!

Aqui hay un video con los pasos a seguir

Tal vez notaste que Netlify borra los sitios web luego de 24 horas. Para que tu sitio sea permanente tenés que crearte una cuenta en Netlify. Eso además te va a permitir cambiarle el nombre a tu página, por ejemplo agroreporte.netlify.app

Publiquemos nuestro reporte en la web! Compartan el link a su pagina web :-)